Quando viene attivato un sistema CNC, i tagli desiderati vengono programmati nel software e dettati agli strumenti e ai macchinari corrispondenti, che eseguono i compiti dimensionali come specificato, proprio come un robot.

Nella programmazione CNC, il generatore di codice all'interno del sistema numerico presuppone spesso che i meccanismi siano impeccabili, nonostante la possibilità di errori, che è maggiore ogni volta che una macchina CNC è diretta a tagliare in più di una direzione contemporaneamente.Il posizionamento di un utensile in un sistema di controllo numerico è delineato da una serie di input noti come part program.

Nelle macchine a controllo numerico i programmi vengono immessi tramite schede perforate.I programmi per le macchine CNC, invece, vengono trasmessi ai computer tramite piccole tastiere.La programmazione CNC viene conservata nella memoria del computer.Il codice stesso è scritto e modificato dai programmatori.Pertanto, i sistemi CNC offrono capacità computazionali molto più ampie.Soprattutto, i sistemi CNC non sono affatto statici poiché i prompt più recenti possono essere aggiunti a programmi preesistenti attraverso un codice rivisto.